Nhìn chung, các đơn vị được kiểm tra cơ bản thực hiện đúng quy định của pháp luật về quản lý giá thuốc. Tuy nhiên, còn một số tồn tại, như một số cơ sở niêm yết giá một số thuốc chưa đầy đủ, chưa kê khai giá theo đúng quy định, bán thuốc cao hơn giá kê khai. Các trường hợp sai phạm đã bị xử lý theo quy định và bị xử phạt hành chính, truy thu số tiền chênh lệch do bán cao hơn giá kê khai với tổng số tiền là 1,328 tỷ đồng.
Bộ Y tế cũng cho biết, qua khảo sát, so sánh giá thuốc trúng thầu tại bệnh viện giữa Việt Nam với Thái Lan, Trung Quốc của Đoàn công tác liên ngành (Bộ Y tế, Ủy ban các vấn đề xã hội của Quốc hội, Văn phòng Chính phủ, Bộ Tài chính, Bộ Kế hoạch - Đầu tư) trong tháng 5-6/2012 cho thấy: Tại Thái Lan, so sánh giá của 25 mặt hàng cùng tên thương mại, cùng hoạt chất, cùng nồng độ và hàm lượng, giá trúng thầu tất cả các mặt hàng tại Thái Lan cao hơn Việt Nam với tỷ lệ trung bình 3,17 lần.
Tại Trung Quốc, so sánh giá 23 mặt hàng cùng tên thương mại, cùng hoạt chất, cùng nồng độ và hàm lượng, giá trúng thầu tất cả các mặt hàng thuốc tại Trung Quốc cao hơn Việt Nam với tỷ lệ trung bình 2,25 lần
