Bộ Công Thương cũng phủ nhận quan điểm Dự án Tổ hợp lọc hóa dầu Nhơn Hội sẽ ảnh hưởng đến các nhà máy lọc dầu hiện hữu của Việt Nam được Chính phủ bảo lãnh.
Lý do là các dự án lọc dầu đầu tư sau sẽ không được hưởng những chính sách ưu đãi như đối với các nhà máy lọc dầu đã hoạt động và đang triển khai xây dựng. Việc góp mặt của Tổ hợp lọc hóa dầu Nhơn Hội là động lực để các nhà máy lọc dầu trong nước (Dung Quất, Nghi Sơn) nâng cao năng lực cạnh tranh, giảm giá thành sản phẩm.
Sau khi phân tích các yếu tố, Bộ Công Thương đề nghị Thủ tướng Chính phủ chấp thuận bổ sung Dự án Tổ hợp lọc hóa dầu Nhơn Hội tại Khu kinh tế Nhơn Hội, tỉnh Bình Định vào quy hoạch phát triển ngành dầu khí Việt Nam đến năm 2015 và định hướng đến năm 2025.
Khi lập dự án lọc dầu Nhơn Hội, Tập đoàn Dầu khí Thái Lan cũng đề xuất một loạt ưu đãi, trong đó có những ưu đãi vượt hẳn khung khổ pháp luật như miễn thuế Thu nhập doanh nghiệp trong 13 năm đầu.
Bộ Công Thương cho rằng một số đề xuất của nhà đầu tư có thể xem xét, chấp thuận. Tuy nhiên một số đề xuất không phù hợp với quy định hiện hành (như miễn thuế thu nhập doanh nghiệp trong 13 năm đầu).
"Đề xuất này là trái với quy định hiện hành do đó không đồng ý với đề xuất này. Thay vào đó, Bộ Công Thương ủng hộ đề xuất của UBND tỉnh Bình Định, cụ thể là dự án được hưởng thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp 10% với thời hạn 30 năm. trong đó 4 năm đầu được miễn thuế, 9 năm tiếp theo giảm 50%, thời gian còn lại áp dụng thuế suất 10%" - theo Bộ Công Thương.
Song, Bộ Công Thương đồng ý với đề xuất dự án được miễn thuế nhập khẩu dầu thô trong suốt vòng đời dự án. Nhà đầu tư được quyền phân phối các sản phẩm xăng dầu của dự án tại thị trường trong nước...
