Ngày 5/1/2015, DPM nhận được quyết định của Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế về việc xử lý vi phạm về thuế theo kết quả thanh tra việc chấp hành pháp luật thuế đối với DPM, thời kỳ thanh tra năm 2013.
Tổng cục thuế quyết định truy thu thuế TNDN năm 2013 đối với DPM số tiền là hơn 16,5 tỷ đồng và phạt 5,4 tỷ đồng do kê khai sai và chậm nộp thuế.
Tổng cộng số tiền truy thu và phạt chậm nộp thuế gần 22 tỷ đồng.
Nguyên nhân dẫn tới việc DPM bị truy thu và phạt chậm nộp thuế được đưa ra là theo kết luận thanh tra của Đoàn thanh tra Tổng cục thuế về việc chấp hành pháp luật thuế tại DPM. Năm 2013, DPM phân bổ chưa chính xác phần lợi nhuận từ kinh doanh sản lượng phân đạm tăng thêm do khai thác dự án đầu tư hệ thống thu hồi khí CO2 từ khói thải nhà máy đạm Phú Mỹ nhằm tăng sản lượng sản xuất phân đạm (hưởng thuế suất thuế TNDN 25%) và phần lợi nhuận từ kinh doanh sản lượng phân đạm của Nhà máy đạm Phú Mỹ (hưởng thuế suất thuế TNDN ưu đãi 7,5%).
Ngoài ra DPM còn phân bổ chưa đúng một số khoản mục chi phí giá vốn vào kỳ kế toán năm 2013.
Bên cạnh đó, đã có sự khác nhau giữa kết quả tính toàn của DPM và quan điểm tính toán được chấp thuận bởi cơ quan thuế, dẫn đến phát sinh chênh lệnh tăng về sản lượng DPM do công trình thu hồi CO2 tạo ra.
