Theo TTCP, trong giai đoạn 2012 -2013, mặc dù hoạt động trong môi trường cạnh tranh gay gắt, tình hình kinh tế, thị trường trong và ngoài nước có nhiều biến động song Tổng Cty Lương thực Miền Nam đã có nhiều cố gắng trong sản xuất và chế biến thủy sản, xuất khẩu và tiêu thụ lương thực cho người nông dân; góp phần tích cực vào chương trình công nghiệp hóa, hiện đại hóanông nghiệp, nông thôn; góp phần xóa đói giảm nghèo.Tuy nhiên, trong việc chấp hành quy định của pháp luật về quản lý, sử dụng vốn và tài sản tại vẫn để xảy ra nhiều thiếu sót, vi phạm.
Cụ thể, Tổng Cty Lương thực Miền Nam thực hiện cho vay và bảo lãnh vat vốn cho một số đơn vị (Cty cổ phần Tô Châu, Cty TNHH Bình Tây, Cty TNHH MTV Lương thực Sài Gòn, Cty Lương thực Hậu Giang) không đúng quy định, vượt thẩm quyền với số tiền hơn 1.780 tỷ đồng. Hậu quả, Cty mẹ phải trả thay vốn vay cho Cty cổ phần Hậu Giang 28 tỷ đồng; khó thu hồi được vốn vay tại Cty Tô Châu số tiền hơn 80 tỷ đồng; nguy cơ phải trả nợ ngân hàng thay cho Cty TNHH Bình Tây hơn 93 tỷ đồng và Cty Tô Châu hơn 56 tỷ đồng.
Bên cạnh đó, TTCP xác định, có dấu hiệu sai phạm trong việc Cty mẹ còn đầu tư góp vốn và sử dụng vốn góp với giá trị hơn 47 tỷ đồng để thành lập Cty cổ phần Vận tải biển Hoa Sen, đầu tư không hiệu quả, gây thua lỗ hơn 22 tỷ đồng. Không chỉ vậy, Tổng Cty này còn bỏ ra gần 60 tỷ đồng để mua cổ phần của Cty Vận tải biển Hoa Sen; mua cổ phần của Cty cổ phần nước khoáng Samvi với số tiền hơn 14,4 tỷ đồng chưa đúng quy định. Mặc dù bỏ số tiền lớn để mua cổ phần, song hàng năm Tổng Cty không được chia cổ tức, phải trích lập dự phòng giảm giá cổ phiếu hơn 55 tỷ đồng.
Mặt khác, quá trình thanh tra còn phát hiện Tổng Cty Lương thực Miền Nam thực hiện chi phí hoa hồng môi giới hơn 100 tỷ đồng trong năm 2013 chưa đảm bảo công khai minh bạch; hạch toán không đúng chi phí môi giới hơn 108 tỷ đồng; chi chưa đúng quy định phí uỷ thác xuất khẩu hơn 6 tỷ đồng…
Đáng chú ý, cơ quan thanh tra xác định, Tổng Cty này chưa thực hiện đúng quy định của Nhà nước về thu mua lúa gạo tạm trữ, không giao dịch mua trực tiếp của người nông dân, không tổ chức liên kết được thành hệ thống trong mua bán nên chưa thực hiện đúng chính sách của Nhà nước với mục đích tạm trữ lúa gạo để đảm bảo cho người nông dân có lãi tối thiểu 30%.
Ngoài ra, TTCP còn cho biết, việc mua bán hàng hoá của một số đơn vị đã vi phạm các quy định về tổ chức và hoạt động, quy chế quản lý tiền hàng trong mua bán, cung ứng với số tiền hơn 62 nghìn tỷ đồng (Cty Lương thực Vĩnh Long, Cty Lương thực thực phẩm An Giang, Cty Lương thực Đồng Tháp, Cty Lương thực Tiền Giang, Cty Lương thực Bạc Liêu; Cty Lương thực Sóc Trăng). Những vi phạm trên dẫn tới hệ quả Tổng Cty và các đơn vị bị chiếm dụng vốn, nợ khó đòi, nguy cơ mất vốn là rất lớn…
Trong công tác đầu tư xây dựng, TTCP xác định Tổng Cty và các đơn vị thành viên cũng để xảy ra nhiều sai phạm về trình tự thủ tục đầu tư, thẩm định và phê duyệt và phê duyệt dự án, nhiều dự án tiến độ triển khai chậm, không đưa vào sản xuất hoặc kinh doanh không hiệu quả…
Theo đó, TTCP kiến nghị tổ chức kiểm điểm, xử lý trách nhiệm đối với các cá nhân, đơn vị liên quan đến sai phạm; đồng thời kiến nghị xử lý về kinh tế số tiền hơn 205 tỷ đồng; đề nghị Bộ Công an sớm kết luận điều tra 2 vụ án tại Cty Lương Thực Vĩnh Long và Cty Lương thực Hậu Giang và tiếp nhận hồ sơ để điều tra, xử lý đối với các sai phạm trong việc góp vốn đầu tư của Cty mẹ vào Cty Vận tải biển Hoa Sen.
